De Franse koning Filips de Schone was de machtigste vorst van zijn tijd. Zijn politiek was erop gericht om het gezag van het Franse koningshuis te versterken. Door zijn oorlogen met de Engelsen en de Vlamingen verkeerde hij vanaf het begin van zijn regering in financiële problemen. Hij zocht geld bij de Katholieke Kerk, de Lombarden, de joden en via muntdevaluaties. Filips wilde de macht van de Katholieke Kerk breken. Hij verbood de verdere uitbreiding van de bezittingen van de katholieke monnikenorden en duldde geen kerkelijke inmenging meer met wereldlijke zaken. De strijd laaide zo fel op dat Filips in 1303 een soort proces hield, waarbij hij paus Bonifatius VIII van onder meer ketterij, afgoderij, simonie, sodomie en moord beschuldigde. Hij wilde Bonifatius afzetten en bedreigde hem met de dood. De volgende paus verzoende zich met de Franse koning.
In de eerste jaren van zijn regering leek er geen vuiltje aan de lucht tussen Filips en de Tempeliers. Hij maakte gebruik van hun financiële diensten, zoals ambtenaren uitbetalen, munten slaan, belastingen innen, de financiën van koning en prinsen beheren. In 1295 werd wel een deel van de activiteiten overgenomen door een nieuwe koninklijke organisatie. In 1304 ontving de visiteur van de Tempeliers een oorkonde waarin de Franse koning beloofde de orde te beschermen. Volgens een kroniek uit 1308 zou Filips de paus in 1305 gevraagd hebben om de beide Franse ridderorden te verenigen en onder de leiding te plaatsen van de Franse monarchie. In 1306 zocht hij bescherming in de Parijse tempel, nadat er onlusten uitgebroken waren na een muntdevaluatie. In maart 1307 woonde hij nog een inwijdingsdienst bij. Rond die tijd begonnen er aan het Franse hof geruchten de ronde te doen over de duistere praktijken van de Tempeliers. In mei 1307 spraken paus Clemens V en grootmeester Jacques de Molay over de beschuldigingen. In juni 1307 werd er tijdens de kapittelvergadering van de Parijse tempel ook over gesproken.
Arrestatie, ketterij, inquisitie en bekentenissen
Koning Filip kreeg de kans om in te grijpen door het verraad van een voormalige tempelier, een zekere Esquiu de Florian, die hem verschrikkelijke verhalen vertelde over godslastering, seksuele uitspattingen en duivelaanbidding binnen de orde van de Tempeliers. Dit was het excuus waar Filip heel die tijd op had zitten wachten om in actie te kunnen treden. In de nacht van 12 oktober op 13 oktober 1307 werden door officieren van de koning over heel Frankrijk zo'n 15000 mensen gearresteerd. Daaronder bevonden zich niet alleen Tempeliers, maar ook bedienden en arbeiders op de landgoederen van de Tempeliers. Van de Tempeliers zelf werden er zo'n 2000 aangehouden, onder wie ook grootmeester Jacques de Molay. Al de gevangenen en hun bezittingen kwamen onder het beheer van de Franse koning. Dat bleef zo gedurende de vijf jaren van het proces. Hoewel er weinig liquide middelen aangetroffen werden, weet men van diverse commanderijen dat Filips ze verkocht of verpacht heeft.
De Orde van de Tempeliers werd beschuldigd van ketterij. Enkel de Kerk was gemachtigd om daar een oordeel over te vellen. Wanneer Filips IV aan zijn baljuws opdroeg om alle Tempeliers te arresteren, gebeurde dat op verzoek van de Franse inquisiteur Willem d’Imbert. Deze dominicaanse monnik was tevens Filips' biechtvader. De gevangenen werden beschikbaar gesteld aan de inquisitie. Deze kerkelijke rechtbank ging er altijd van uit dat ze gelijk had en de beschuldigingen juist waren. Wie bekende, kreeg vergiffenis. Wie ontkende, kreeg de doodstraf. Wie zijn bekentenis herriep, kreeg zeker de doodstraf. Via een pauselijke bul van 1252 was de praktijk van het martelen al kerkelijk goedgekeurd. Men redeneerde dat een onschuldige martelingen kon doorstaan, als het ging over de redding van zijn ziel.
De eerste verhoren zijn van grote invloed geweest op het verdere verloop van het proces. Er zijn 138 verslagen van de Parijse verhoren uit oktober en november 1307 bewaard gebleven. Slechts vier leden ontkenden alles, de anderen bekenden onder zware druk dat de orde schuldig was aan een deel van de beschuldigingen. Het staat vast dat de meerderheid van de gevangenen gemarteld werd. Op 24 oktober 1307 ging ook grootmeester Jacques de Molay door de knieën. Hij bekende dat men hem tijdens zijn toetreding 42 jaar eerder gedwongen had om het beeld van Christus te verloochenen en op het kruis te spuwen. Hij geloofde dat men hem niet anders behandeld had dan de anderen. De volgende dag herhaalde hij zijn verklaring in het openbaar. Daarna onderschreven 38 leden, onder wie de hoogste leiders, ten overstaan van een groep toehoorders de verklaring van de grootmeester. Daarmee kon Filips zijn actie gemakkelijk rechtvaardigen.
Paus Clemens V was een Franse bisschop die zijn benoeming tot paus dankte aan Filips IV. De koning had gedacht dat het proces na de bekentenissen snel afgehandeld zou worden, maar de paus reageerde verrassend. Hij trotseerde Filips, hechtte geen geloof aan de roddels, noemde het een aanslag op de kerk en eiste tevergeefs dat de bezittingen werden overgedragen aan kerk. De paus zorgde ervoor dat het proces nog jaren aansleepte.
Op 22 november 1307 droeg de paus alle christelijke vorsten op de Tempeliers te arresteren en hun bezittingen beschikbaar te stellen aan de kerk in afwachting van het proces. In december 1307 trok de grootmeester zijn bekentenis in tegenover twee kardinalen, veel andere leden deden hetzelfde. In februari 1308 schortte de paus de activiteiten van de Franse inquisiteurs op, maar Filips ging door met zijn campagne tegen de tempelorde. In juni 1308 liet hij in Poitiers 72 Tempeliers verschijnen voor de paus. Ze waren zorgvuldig gekozen en bevestigden de teneur van de verhoren van oktober 1307. In augustus 1308 bekenden de hoogste leiders van de tempelorde op het kasteel van Chinon opnieuw delen van de aanklacht.
Op 12 augustus 1308 verscheen de pauselijke aanklacht tegen de tempelorde. De belangrijkste van de 127 artikelen waren: verloochenen van Jezus Christus, aanbidden van een afgod, kusrituelen en andere homoseksuele praktijken, zich verrijken op een illegale manier. Tot deze zaken zou men reeds lang aangezet worden in de hele orde. Een pauselijke commissie moest de aanklacht onderzoeken en zich uitspreken over de orde, de aartsbisschoppen konden recht spreken over de individuele Tempeliers. Bijna alle leden van de commissie hadden nauwe relaties met het Franse koningshuis. In maart 1309 bleek nog eens hoeveel invloed de Franse koning had op de paus, toen Clemens zijn hofhouding naar Avignon verhuisde en de Babylonische ballingschap der pausen begon.
In april 1310 was de verdediging van de Tempeliers op haar sterkst. Er hadden zich bijna 600 leden aangemeld voor het proces. Ze voerden aan dat de bekentenissen door marteling verkregen waren. Men wist van 36 Tempeliers dat ze omgekomen waren tijdens de verhoren in Parijs. Maar in mei 1310 begon de Parijse aartsbisschop Philippe de Marigny individuele Tempeliers te vonnissen. Op het hoogtepunt van de verdediging liet hij er 54 verbranden. Het waren strijdbare leden die de orde wilden verdedigen en hun bekentenissen teruggetrokken hadden. De Franse aartsbisschoppen gingen door met het berechten van individuele leden. Dat kraakte de verdediging volledig. Weinigen hadden nog de moed om de orde te verdedigen. Slechts 87 van de oorspronkelijke 597 verdedigers kwamen opdagen.